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水源(すいげん)とは、川などの流れ出るもと。または用水(農業用水、工業用水)や水道(上水道、簡易水道)として利用する水の供給源。後者の場合は井戸はもとより海水淡水化施設が該当することもある。
山間における水源からの湧水は、冷水が最も清潔で良いとされる。温い涌き水は地表近くで時間が経ちすぎて不潔な為、加熱後に飲料として使うとされる。
海や河川での航路を示すための浮標は1980年に開催された国際航路標識協会の浮標特別会議により「水源に向かって左側は緑色」「水源に向かって右側は赤色」と定められている。ここで言う「水源」とは、川などの場合は一番上流の水が流れ出るもとを指し、港、湾、入り江などの場合は海から見て一番奥まった場所を指す。そして、港、湾、入り江などを除く日本列島の多くの沿岸や離島では、浮標の色を緑か赤かを定めるためにどこか特定の地点を「水源」として決める必要がある。そのために便宜上として日本では与那国島を「日本列島沿岸部の水源」として定めている。