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水俣病（みなまたびょう）は、熊本県水俣湾周辺の化学工場などから海や河川に排出されたメチル水銀化合物（有機水銀）により汚染された海産物を住民が長期にわたり日常的に食べたことで水銀中毒が集団発生した公害病である環境省 水俣病センター「水俣病のあらまし（水俣病の発生およびその概要）」。
第二次世界大戦後の日本における高度経済成長期の負の側面である四大公害病の一つである。「公害の原点」ともいわれ、工業災害における犠牲者の多さでも知られる。また、水俣病と全く同じ原因そして同じ症状の患者が新潟県阿賀野川下流域で集団発生した（第二水俣病）。有機水銀病とも言われるhttps://www.pref.niigata.lg.jp/uploaded/attachment/229550.pdf</ref>。
1956年（昭和31年）5月1日、熊本県水俣市の新日本窒素肥料（現・チッソ）水俣工場附属病院長の細川一が水俣保健所に患者の発生を報告し、公式に確認された。1958年（昭和33年）頃から「水俣病」の名称が使われ始め、1968年（昭和43年）9月26日、厚生省は、水俣病の原因物質をチッソ水俣工場の廃液に含まれたメチル水銀化合物であると認定した。
1997年（平成9年）7月29日、熊本県知事が水俣湾の安全宣言を行い、同年10月から漁が再開された水銀と水俣湾 環境省水俣病情報センター水俣病関係年表 水俣市立水俣病資料館。
1931年（昭和6年）、熊本県水俣町（現・水俣市）にある日本窒素肥料株式会社（チッソの前身）水俣工場の技術者の橋本彦七らは、炭化カルシウムからアセチレンを作り、これを水銀触媒を使ってアセトアルデヒドに変える一連の合成方法を発明し、特許原簿に登録した。1932年（昭和7年）から同工場で操業開始。アセトアルデヒドを原料とするブタノール、酢酸、酢酸エチル、無水酢酸、酢酸繊維素、酢酸ビニールなどの製品化に成功した水俣病の悲劇を繰り返さないために −水俣病の経験から学ぶもの−国立水俣病総合研究センター。1938年（昭和13年）、橋本は水俣工場長に就任。1941年（昭和16年）、チッソは日本で初めてアセチレンから塩化ビニルへの合成に成功した。橋本は第二次世界大戦後、水俣市長を通算4期務めた。
チッソは、アセチレンの付加反応に金属水銀や昇汞（塩化水銀(II)の別名）を用いており、目的の反応生成物を取り除いた後の工業廃水を水俣湾に排出していた。そのため、これに含まれていたアルキル化水銀が環境中の魚介類の食物連鎖によって生物濃縮し、これらの魚介類が汚染されていると知らずに摂取した八代海沿岸の熊本県および鹿児島県の住民の一部に「メチル水銀中毒症」がみられ、これが水俣病と呼ばれることとなった。環境汚染の食物連鎖で起きた人類史上最初の大規模有機水銀中毒でかつ世界中に知れわたった公害病とされる。
有機水銀は自然界にごく普通に存在し、魚介類で有機水銀を含まないものはない。人間は日常的に魚類から有機水銀を摂取している。日常の食事などからの摂取が一定の範囲内であれば、適切に排出され問題はないが、大量に摂取した場合は排出しきれず蓄積され、激しい中毒症状を引き起こす場合がある。妊婦などには、胎盤を通じて胎児に影響が出ないよう、マグロやカジキといった水銀含有量の多い魚の摂取について注意喚起が行われている。
後年わかるように、水俣病は昭和20年代後半から30年代前半に、触媒の変更によってアルキル化水銀が海中に放出され、環境中でそれを摂取した魚類が適切に排出できずに食物連鎖するうちに蓄積し、さらにそれを食べた人間に有機水銀中毒症状が発生したものである。水俣病はいわば量的問題で起こったものであり、自然界における摂取と排出のバランスの崩壊で発生したものであった。
当初は原因が分からず「奇病」と呼ばれていたが、地名をとって「水俣病」と呼ばれるようになった。原因が解明されたあとは、同様の公害病の呼称にも用いられた。水俣病、第二水俣病（新潟水俣病）、イタイイタイ病、四日市ぜんそくの4つは、四大公害病と呼ばれる。
| 発生源 |
|---|
| ヒトへの経路 |
| 集団発生地 |
| 確認年 |
| 呼称 |
| メチル水銀製造実験中の曝露 （技術者3名が中毒、うち2名死亡） |
| 1865年 |
| 聖バーソロミュー病院1865年の症候群 |
| 農薬工場 |
| 作業中の直接曝露 （職業病） |
| ロンドン郊外 |
| 1940年 |
| チッソ水俣工場 |
| 工業廃水→食物連鎖 （公害病） |
| 八代海沿岸 |
| 1956年 |
| 熊本水俣病 （水俣病） |
| 昭和電工鹿瀬工場 |
| 阿賀野川流域 |
| 1965年 |
| 新潟水俣病 （第二水俣病） |
| ドライデン製紙工場 |
・流域 |
| 1970年 |
| オンタリオ水俣病 （カナダ水俣病） |
| 2年続いた旱魃（かんばつ）のため 輸入された種子麦 |
| 非食用の種子麦をパンに 加工して摂取（食中毒） |
| イラク北部ほか |
| 1971年 |
| （邦訳不定） |
有機水銀であるメチル水銀への曝露によって中毒となった場合、主に中枢神経系が障害され、「メチル水銀中毒症」が病名となる。ただし、同物質による公害によって引き起こされた、すなわち公害病と認定された場合は特に「水俣病」と呼ばれる。公害病では環境に排出されたアルキル化水銀が環境中で食物連鎖されるうちに生物濃縮され、それを経口摂取することで発症するが、妊婦が摂取した場合、胎盤を経由して胎児にも影響し、（先天的に）同様な障害を持つ児が生まれることがある。この場合は「胎児性水俣病」と言う。
なお、職業病の場合は「水俣病」とは呼ばない。また、主に腎臓が障害される無機水銀中毒症、あるいは、企図振戦、歯肉炎・口内炎、精神症状が3大主徴の金属水銀中毒症も、病態が異なるため「水俣病」とは呼ばない。ただし、環境中に排出された無機水銀が環境中でメチル化され、生物濃縮をしている例が世界各地で確認されているため、水銀汚染の公害病の議論の中でこれらが水俣病とともに語られることがある。
。
しかし翌1959年7月22日、熊本大学水俣病研究班は、武内忠男や徳臣晴比古らの研究に基づいて、「水俣病の原因は有機水銀であることがほぼ確定的になった」という発表を行った。これは、排水口周辺の海底に堆積するヘドロや魚介類、患者の体内から水銀が検出されたことによる。
同年10月、後に水俣病発見者となる、新日本窒素肥料水俣工場附属病院長で院長を務めていた細川一は、院内でネコを使った動物実験を行ない、アセトアルデヒド酢酸製造工場の排水を混ぜた餌を与えたネコが水俣病を発症していることを確認し、工場責任者に報告している（この時点ではメチル水銀の抽出までには至っていない）。しかしチッソは、実験を中止して結果を公表しないよう細川に命じた。細川が使った「ネコ実験の小屋」は相思社が譲り受け、「水俣病歴史考証館」で展示されている。
1962年8月11日、当時は東京大学工学部大学院生であった宇井純は、写真家の桑原史成とともに水俣工場附属病院の医師小嶋照和を訪ねた際、ネコを使った実験に関するノートを発見。桑原は小嶋が中座した隙に接写レンズでノートを撮影水俣事件と桑原史成の略年表（1906-2013年）熊本学園大学水俣学研究センター『朝日新聞』1995年5月27日29頁（特設ニュース面）。1963年3月、宇井は、現代技術史研究会『技術史研究』に富田八郎（とんだやろう）のペンネームで「水俣病」の連載を開始新・宇井純物語 盛大に告別式環っ波。連載は1967年8月の第38号まで13回にわたり国立国会図書館のデータベースによる。、水俣病とチッソの関係が多くの論文、データとともに明かされた。
公式見解としてメチル水銀化合物 と断定したのは、1968年9月26日であった。。
なお当時の文献や、それを引用した文献では、原因物質は単に「有機水銀」と表記されていることがある。
女児は1956年3月15日に死亡し、のちに「水俣病公式認定患者第1号」に認定された『水俣病事件四十年』pp.99-100。
患者発生が顕在化したのは1956年に入ってからである。新日本窒素肥料水俣工場附属病院長の細川一は、新奇な疾患が多発していることに気付き、1956年5月1日、「原因不明の中枢神経疾患」として5例の患者を水俣保健所に報告した。この日が水俣病公式発見の日とされる。同年頃から水俣周辺では脳性麻痺の子どもの発生率が上昇した。
患者公式認定にいたる前から漁獲高の激減による漁民の度重なる訴えや小動物の相次ぐ異変も続出していたが、当時の白石宗城社長は不作為に終始した。
1958年、新日本窒素肥料の新社長に吉岡喜一が就任。同年9月25日、新日窒水俣工場は、アセトアルデヒド酢酸製造設備の排水経路を、水俣湾百間港から八代海に面した水俣川河口の八幡プールへ変更した。しかしプールは露天だったため、降雨によりプールから排水が溢れ出て、直接不知火海に流出していった。工場側の見解では、排水が疑われる原因は色（赤茶色。主に鉄分によるもの）にあり、見た目を良くすれば漁民たちの非難をかわせるものと考えていた。}}。しかし、1959年3月から水俣病患者は、水俣湾周辺に留まらず、水俣川河口付近および隣接する津奈木町や海流の下流部にあたる鹿児島県出水市と不知火海沿岸全体に拡大していった。このことによってアセトアルデヒド酢酸設備排水が水俣病を引き起こすことは明らかになった。多くの水俣病関係者はこれを「人体実験」であるとみなした第２章 水俣病の原因究明及び発生源確定の過程（その1）国立水俣病総合研究センター国・熊本県の上告受理申し立て理由書に対する反論書（その2） 2003年12月18日。
1959年7月22日、熊本大学水俣病研究班は、武内忠男や徳臣晴比古らの研究に基づいて、「水俣病の原因は有機水銀であることがほぼ確定的になった」という発表を行った。水俣病の原因が新日本窒素肥料水俣工場から排出された水銀である疑いが濃くなった。
同年8月24日、東京工業大学教授の清浦雷作は水俣を訪れ、5日間現地を調査。8月29日、水俣市役所で記者会見し「水俣港防波堤の外側海水は、日本にある他の化学工場所在地の海水とほぼ同程度で正常だ」と述べ、水俣病は工場廃液とは関係がないと発表した。
新日本窒素肥料の吉岡喜一社長は、反論工作を日本化学工業協会専務理事の大島竹治に依頼。同年9月28日、大島は、太平洋戦争が終わって海中に投棄された旧日本軍の爆弾が腐食し、中身が溶け出したとする「爆薬説」を発表した『朝日新聞』1994年3月25日第3社会面（33頁）。10月7日には、吉岡自身が水俣工場長の西田栄一とともに県庁を訪ね、寺本広作知事、熊本県議会議長の岩尾豊と同副議長の堀川光記、水俣病対策特別委員長の田中典次と会談。有機水銀説が納得できない5つの理由を挙げ、大島の「爆薬説」を披露した。
同年10月6日、新日窒附属病院の細川一院長は、院内ネコ実験により、アセトアルデヒド酢酸製造工場排水を投与した猫が水俣病を発症していることを確認し、工場責任者に報告した（猫400号実験）。しかし、工場の責任者は実験結果を公表することを禁じた。実験結果が公になったのは1970年7月の水俣病訴訟の細川博士の臨床尋問によってであった。
同年10月23日、厚生省食品衛生調査会「水俣食中毒特別部会」の鰐淵健之委員長は、海中投棄の事実そのものがなかったという調査結果を報告。大島の「爆薬説」を根拠のないものだとして否定し、「社会をまどわす人道上の問題だ」と激しく非難した。それでも爆薬説は否定されるまでの間はチッソ側にとって一定の役割を果たした第2章 水俣病の発生とその原因 水俣市立水俣病資料館。
同年10月、アセトアルデヒド酢酸設備排水が原因であることを知った通産省は、新日窒に対しアセトアルデヒド製造そのものの禁止はせずに、アセトアルデヒド製造工程排水の「水俣川河口への放出」のみを禁止した。新日窒は通産省の指示に従い、排水経路を水俣川河口から水俣湾百間港に戻し、その後「閉鎖循環方式」（有機水銀が排出されない方式）に転換した（アセドアルデヒドの製造停止は1968年）。
同年11月12日、食品衛生委員会常任委員会は、「水俣食中毒特別部会」の中間報告に基づいて、渡邊良夫厚生大臣に「水俣病の原因は有機水銀化合物である」と答申。翌13日、渡邊が閣議で紹介すると、池田勇人通産大臣は「チッソ社が原因だとするのは尚早だ」と反論し、結局、閣議了解事項とならず、通産省に押し切られた厚生省は同日、「水俣食中毒特別部会」を解散させるに至った廣野喜幸「水銀リスク認知の歴史的分析―日本における有機水銀中毒と水俣病に焦点を合わせて―」 東京大学教養学部哲学・科学史部会、2017年3月。「水俣病問題に係る懇談会」提言書 2006年9月19日環境省。水俣病の有機水銀原因説に対して、新日本窒素肥料や日本化学工業協会などは強硬に反論している。
同年12月25日、水俣工場は、汚水処理装置「サイクレーター」を完成。工場排水による汚染の問題はなくなったと宣伝したが、のちに「サイクレーター」は水の汚濁を低下させるだけで、排水に溶けているメチル水銀の除去には全く効果がないことが明らかにされた。
同年12月30日、新日本窒素肥料は水俣病患者と家族でつくる「水俣病患者家庭互助会」と見舞金契約を結んだ。少額の見舞金を支払ったが、会社は汚染や被害についての責任は認めず、将来水俣病の原因が工場排水であることがわかっても新たな補償要求は行わないものとされた。
このほかこの年には、新日本窒素肥料は、排水停止を求めていた漁業組合とも漁業補償協定を締結した。これらの一連の動きは、少なくとも当時、社会的には問題の沈静化をもたらし、水俣病は終結したとの印象が生まれた。実際には、それまで水俣湾周辺に限られていた患者の発生も、1959年初め頃から地理的な広がりを見せており、その一方、声を上げることのできない患者たちの困窮はさらに深まっていった。
1960年、チッソは廃水処理の改善を実施しており、泥に廃水を通してメチル水銀を吸着除去する施策（泥・廃水プール）や、蒸留塔ドレーンの循環を開始した。
1960年1月、政府は経済企画庁、通産省、厚生省、水産庁からなる「水俣病総合調査研究連絡協議会」を設置。同年2月26日に第1回会合を開いた。協議会には学識経験者として、熊本大学研究班の内田槇男と喜田村正次、東京水産大学の宇田道隆、東京大学の松江吉行、東京工業大学の清浦雷作らが参加した。
同年4月8日、新日本窒素肥料からの支援を受けて、日本化学工業協会は「水俣病研究懇談会」を設置した。同懇談会は、日本医学会会長の田宮猛雄が委員長を務めたことから通称「田宮委員会」と呼ばれ、小林芳人、沖中重雄、勝沼晴雄、清浦雷作、戸木田菊次らが参加した。田宮委員会の研究者たちは有機水銀説に反論し、他に原因があると主張した。
同年4月12日、「水俣病総合調査研究連絡協議会」の第2回会合が開かれ、熊本大学の内田槇男から「有機水銀説」が報告されるが、これに対し清浦が反論。「水俣病の原因は水銀ではなく、アミン系の毒物である」と述べ、貝によるアミン中毒説を発表した。同協議会は清浦の発表のほか何の成果も出すことなく、翌年に消滅した。
1961年4月、東邦大学教授の戸木田菊次は現地調査も実施せずに「腐敗アミン説」を発表。非水銀説を唱える学者・評論家も出現。清浦や戸木田は御用学者と呼ばれるとともに、マスコミや世論も混乱させられた。
1962年11月29日、脳性小児まひ患者16人が胎児性水俣病と認定（胎児性水俣病の初めての公式な確認）。水俣病の原因物質であるメチル水銀は胎盤からも吸収されやすいため、母体から胎児に移行しやすい。さらに、発達途中にある胎児の神経系は、大人よりもメチル水銀の影響を受けやすいことが今日では明らかになっている。
政府が発病と工場廃水の因果関係を認めたのは1968年である。1968年9月26日、厚生省は、熊本における水俣病は新日本窒素肥料水俣工場のアセトアルデヒド製造工程で副生されたメチル水銀化合物が原因であると発表した。同時に、科学技術庁は新潟有機水銀中毒について、昭和電工鹿瀬工場のアセトアルデヒド製造工程で副生されたメチル水銀を含む工場廃液がその原因であると発表した。この2つを政府統一見解としたが、この発表の前の同年5月に新日窒水俣工場はアセトアルデヒドの製造を終了している。このとき熊本水俣病が最初に報告されてから既に12年が経過していた。
厚生省の発表においては、熊本水俣病患者の発生は1960年で終わり、原因企業と被害者の間では1959年12月に和解が成立しているなどとして、水俣病問題は既に終結したものとしていた。国は水俣病発生の責任を認めず、原告と国との裁判はその後も続いた。国は1990年に出された裁判所の和解勧告（9月に東京地方裁判所が、10月に熊本地方裁判所と福岡地方裁判所が相次いで同じ趣旨の勧告を出す）を拒否しており、和解に転じるのは1996年のことである。
また、原告で和解を拒否した水俣病関西訴訟の裁判は2004年10月まで続いた。2004年10月の水俣病関西訴訟における最高裁判所判決は、国や熊本県は1959年の終わりまでには水俣病の原因物質およびその発生源について認識できたとし、1960年以降の患者の発生について、国および熊本県に不作為違法責任があることを認定している。
1967年6月12日、新潟水俣病の患者は昭和電工を相手取り、新潟地方裁判所に損害賠償を提訴した（新潟水俣病第一次訴訟）。四大公害裁判の始まりである。
1969年6月14日、熊本水俣病患者・家族のうち112人がチッソを被告として、熊本地裁に損害賠償請求訴訟（熊本水俣病第一次訴訟）を提起した。
1969年7月、第1回「全国公害研究集会」が、イタイイタイ病が発生した富山県で開催された全国公害研究集会 独立行政法人環境再生保全機構。水俣病、イタイイタイ病、三池鉱山の一酸化炭素中毒、森永ヒ素ミルク中毒、カネミ油症などの被害者代表百数十人が集まる。
1970年11月28日、大阪厚生年金会館で行われたチッソ定時株主総会水俣病関連 詳細年表一般財団法人水俣病センター相思社に、白装束の患者（一次訴訟原告家族）らが、交渉を拒みつづけたチッソの江頭豊社長に直接会うために、一株株主として参加した。大阪・水俣病を告発する会が発足。
1971年9月29日、新潟水俣病第1次訴訟で新潟地裁は原告勝訴の判決を下した。新潟地裁は、昭和電工は有害なメチル水銀を阿賀野川に排出して、住民にメチル水銀中毒を発生させた過失責任があると述べた。公害による住民の健康被害の発生に対して、企業の過失責任を前提とする損害賠償を認めた画期的な判決となった。
1971年、水俣病患者が新たに16人認定される。患者総数150人、うち死者48人。
1973年3月20日、熊本水俣病第一次訴訟に対しても原告勝訴の判決が下された。既に熊本県で水俣病が発生したあとに起きた新潟水俣病の場合と異なり、熊本での水俣病の発生は世界でも初めての出来事であった。そのため、熊本第一次訴訟で被告のチッソは「工場内でのメチル水銀の副生やその廃液による健康被害は予見不可能であり、したがって過失責任はない」と主張していた。判決はこれについても、化学工場が廃水を放流する際には、地域住民の生命・健康に対する危害を未然に防止すべき高度の注意義務を有するとして、公害による健康被害の防止についての企業の責任を明確にした。
同年、環境庁が水銀値25ppm以上の底質（海底や川底）は全て除去することを決める。これに基づき水俣湾の汚泥除去と埋め立てが行われる。水俣市の水俣病認定患者が自殺。
1987年3月30日、熊本水俣病の第三次訴訟（熊本地裁）で、相良甲子彦裁判長（当時）は原告勝訴の判決を下し、国と県の責任を認めた。
水俣病として認定された患者は原因企業であるチッソおよび昭和電工からの補償を受ける。患者の認定は1959年に開始された。ハンター・ラッセル症候群をベースに症状の組み合わせを求めるものであった。1971年（当時の環境庁長官は大石武一）の次官通知で「疫学条件（原因食品の摂取）といずれかの症状」による認定が開始された。補償内容は1973年に患者と原因企業間で締結された補償協定により、一時金一人1,600万〜1,800万円、年金、医療費の支給などで、認定患者の数は約3,000人（死者含む）である。公害健康被害の補償等に関する法律（公健法）による水俣病の認定は、国（環境省）の認定基準にしたがって、国からの委託を受けた熊本県・鹿児島県および新潟市が行う。一方、この水俣病認定基準が医学的ではなく政治的で不十分であるとの批判があり、この認定から外れた住民（未認定被害者）の救済が今日まで続く補償・救済の主要な問題となってきた。
1979年3月22日、チッソ刑事裁判第一審判決。熊本地裁は、吉岡喜一元社長と西田栄一元水俣工事長に業務上過失致死で禁固2年、執行猶予3年の有罪判決を下した。被告は控訴。
1990年12月5日、水俣病裁判の国側の責任者として、和解拒否の弁明を続けていた環境庁企画調整局長が自殺是枝裕和『しかし…ある福祉高級官僚 死への軌跡』（1992年 あけび書房）ISBN 4900423661山内豊徳『福祉の国のアリス』（1992年 八重岳書房）鎌田慧『家族が自殺に追い込まれるとき』（1999年、講談社）是枝裕和『官僚はなぜ死を選んだのか 現実と理想の間で』（2001年 日経ビジネス人文庫）。
1992年、水俣市の中学校の調査で、水俣病の偏見から文通を断られたり、修学旅行でからかわれるなどの差別に悩むケースが多いことがわかる。
国や原因企業などを相手に損害賠償請求訴訟を起こしていた未認定被害者らは、1995年、自民党・社会党・新党さきがけの連立与党三党による調停を受け入れ、これら訴訟の大半が取り下げられた。このときの政治解決により、被害者には一時金260万円などが原因企業から支払われたほか、医療費の自己負担分などが国や県から支給されており、その対象者は約12,700人に上る。この政治解決を受け入れずに、訴訟を継続したのが水俣病関西訴訟である。
1995年に政府は、水俣病の未確認患者問題につき最終解決策を決定。村山富市首相が、原因の確認・企業への対応の遅れを首相として初めて陳謝。国の法的責任には触れず。
2001年、水俣病事件で国・熊本県の責任を認める初の高裁判決が下り、チッソに対する除斥期間経過も撤回した。関西水俣病訴訟団が国・熊本県に上告を断念するように申し入れたにもかかわらず、国・熊本県が最高裁へ上告する。
2004年、最高裁は関西訴訟に対する判決で、水俣病の被害拡大について、排水規制など十分な防止策を怠ったとして、国および熊本県の責任を認めた。また認定基準については、昭和52年判断条件は補償協定に定めた補償内容を受るにたる要件として限定的に解釈すべきであるとし、その症状の一部しか有しないものについてもメチル水銀の健康影響を認め、チッソなどに600万〜850万円などの賠償の支払いを命じた。
2005年、未確定患者が熊本地裁に集団提訴。この判決の後、それまで補償を求めてこなかった住民からも被害の訴えや救済を求める声が急増した。国は医療費の支給などが受けられる新保健手帳の受付を再開したが、この受給者は2006年11月末までに6,500名を超えている。このほかに公健法による患者認定の新たな申請者も4,600人にのぼっている。さらに1,000人以上を原告として、国や原因企業などを相手取った新たな損害賠償請求訴訟も提起されるなど、救済と補償問題はいまだに解決には至っていない。
2007年10月、「水俣病被害者互助会」が、胎児の時や幼少期にチッソ水俣工場が排出したメチル水銀の汚染被害を受けたとして、2億2,800万円の損害賠償を求め熊本地裁に提訴。
同年、水俣病関西訴訟の81歳女性が認定求め提訴した。
2007年11月19日、チッソの後藤舜吉会長は救済問題で、新救済策について「（チッソの負担分は）株主や従業員、金融機関などへの説明がつかない」として受入拒否を意向を正式表明、これまでの補償すら同社にとっては不当あるいは過大なものであったかのような説明となっていた。なお上記の記述は、2010年3月時点「この補償協定の成立過程におきましては、大半の会派とは話し合いでの決着を図りましたが、一部の派との交渉は、多数の過激な支援者の座り込みのもとで、威圧的言動や行動により応諾を迫られ、一時は社長以下の会社代表が88時間にわたり監禁状態に置かれるなど、極めて苛烈なものとなり、さらには従業員が暴行を受けることもありました。」と変更されている。}}したが、鴨下一郎環境大臣は、チッソに負担を求めていく考えを明らかにした。
2009年7月8日、水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法（通称「水俣病救済特別措置法」）が成立した水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法に関する意見書日本弁護士連合会。その前文において「国及び熊本県が長期間にわたって適切な対応をなすことができず、水俣病の被害の拡大を防止できなかったことについて、政府としてその責任を認めおわびするとともに、公健法に基づく判断条件を満たさないものの救済を必要とする方々を水俣病被害者として受け止め、その救済を図る」ことが定められた。しかし同法は、具体的な救済の範囲が示されていないことや原因企業チッソの分社化を含むものであったため、批判の動きも見られた。
2010年3月、未認定患者らでつくる「水俣病不知火患者会」（約2,100人）が提訴した損害賠償請求について、熊本地裁は和解を勧告し、その和解協議において裁判所の所見が示された。
所見の内容は、水俣病と判定された原告に一時金210万円および療養手当を被告の国・県・チッソが支給することとされており、原告被告双方が和解案を受け入れることを表明した。
同年4月16日、水俣病被害者の救済及び水俣病問題の解決に関する特別措置法の救済措置の方針を閣議決定。水俣病が生ずる原因となったメチル水銀を排出した事業者であるチッソ、昭和電工の責任と、いわゆる関西訴訟最高裁判決において公害防止政策が不十分であったと認められた国および熊本県の責任とを踏まえて、水俣病被害者をあたう限りすべて、迅速に救済することとし、一定の感覚障害を有する人を対象に一時金210万円および療養手当等を支給することが定められた。しかし、この一時金について、厚生労働省は「収入である」と判断し、一時金支給を受けている被害者が生活保護の支給を受けられなくなっているケースが多発している。こうした世帯は、熊本・鹿児島両県で100世帯を超える数で存在しているという。かえって生活苦が増したとの被害者からの声が相次いでおり、有識者からは「実情に合わない制度である」として問題視する意見が多い。熊本県などは制度の見直しを要望しているものの、厚生労働省は「原則通りの運用であり、変更予定はない」としている「水俣病百世帯、生活保護停止…原則通りと厚労省」『読売新聞』2011年6月9日。
これに関連して、一時金や和解金の支給開始直後から生活保護の支給を打ち切られた鹿児島県出水市在住の患者ら4人が、同市の処分を不服として、2011年9月9日、鹿児島地裁に処分を取り消すよう訴訟を起こした「水俣病：和解金で生活保護打ち切り 被害者4人が提訴」『毎日新聞 』2011年9月10日。
2021年9月14日、水俣病被害者団体「水俣病不知火患者会」などでつくる「ノーモア・ミナマタ被害者・弁護団全国連絡会議」は、ユージン・スミスを題材とする映画『MINAMATA-ミナマタ-』の日本公開（9月23日）に合わせ、全ての水俣病被害者の救済をめざしてインターネット署名に取り組むと発表した。署名はオンライン署名サイト「Change.org」で受け付ける。
水俣病の健康被害を訴える人とその認定問題は2020年代においても継続中である。汚染海域の沿岸に居住歴がある人は約47万人。未認定患者で認定を申請した2万2229人（2021年7月末時点）のうち認定されたのは1790人（8％）である。2013年の最高裁判決は「個々の事案を総合的に検討し判断すべきだ」と求めた。2014年に環境省が自治体に通知した認定の運用指針は同じ地域・家庭に認定患者がいるか、漁業に従事した経歴、汚染魚介類を食べていた時期の頭髪中の水銀濃度などを基準として示したが、これに対しては救済につながっていないとの批判がある【風紋】現在進行形の水俣病 映画公開、再認識求める『日本経済新聞』朝刊2021年9月20日社会面（2021年10月3日閲覧）。
2002年2月2日、チッソは最終処分場（いわゆる八幡残渣プール）の外周道路および護岸を水俣市に寄付を申し入れた。さらに2002年10月7日、水俣市は寄付を受入れ、所有権移転登記した（出典：有印公文書がブログで公開されている）。現在では、八幡プールの外周道路へは、自由に出入り可能である。
2014年5月16日、国と熊本県に対し、食品衛生法に基づく被害実態調査と違法性の確認を求める行政訴訟が起こされた※記事名不明※朝日新聞デジタル（2014年5月16日）。
厚生省（当時）は、「すべての魚介類が汚染されているわけではない」などとして食品衛生法の適用を見送った。一方で、東日本大震災後の福島第一原子力発電所事故による食品への放射性物質の汚染に対しては、これと同様に、全ての食品が汚染されているわけではないにもかかわらず、食品衛生法に違反するものとして解釈を示し、都道府県等に対して販売されないよう処置されたいと通達しており厚生労働省医薬食品局食品安全部長通知（食安発0317第3号）、両者の解釈に齟齬が生じている。
一般財団法人水俣病センター相思社は未認定を含む患者の支援に取り組むなかで約28万点の資料（2024年時点）を収集し、一部を水俣病歴史考証館で公開している。
水俣病について啓発や展示を行なう国公立の施設としては、環境省国立水俣病総合研究センターの付属施設として「水俣病情報センター」が2001年6月に開館水俣病情報センターについて（公式サイト内）2024年8月28日閲覧したほか、水俣市立水俣病資料館がある水俣病資料館（公式サイト）2024年8月28日閲覧。
1968年9月13日、初めての合同慰霊祭が水俣市公会堂で行われた。葬儀委員長は橋本彦七市長が務めた。しかしこれを境に市主催の慰霊祭は長らく行われなかった。
1992年5月1日、水俣病の公式確認日であるこの日、第1回「水俣病犠牲者慰霊式」が水俣湾埋立地で開催された水俣病関係年表 水俣市立水俣病資料館。以後、毎年5月1日に開催されている水俣病犠牲者慰霊式 水俣市立水俣病資料館。
1996年、水俣湾埋立地に隣接する水俣市明神地区に水俣病メモリアルが完成した。その後、水俣病公式確認から50年目にあたる2006年4月30日、水俣湾親水護岸に水俣病慰霊の碑が建立された。碑には行政によって認定された犠牲者314名の名簿が納められた。名簿に記載された犠牲者は認定死亡患者の2割にすぎず、それも一般に公開されないことを条件に記載を承諾したものだった。なお、水俣病未認定死亡患者は名簿にその名を記載することさえ許されていない。
水俣病に対しては、「水俣」という名称が含まれることから発生当初から差別や中傷が行われてきた。2000年代以降は沈静化したとされていたが、2014年5月1日に、水俣病慰霊式の様子がテレビニュースで放映された際、出演しインタビューに応じていた認定患者で水俣市立水俣病資料館の語り部の会長を務める男性が、ニュース放映日以降、「いつまで騒ぐのか」などの中傷電話を継続的に受けている実態が明らかになった水俣病:語り部の会会長宅に中傷電話「いつまで騒ぐのか」『毎日新聞』2014年6月10日。
2010年6月上旬、熊本県芦北町で行われた中学校サッカー部同士の試合で、同県内の市立中学校の男子選手が、水俣市内の中学校チームの選手に対し、「水俣病、触るな」などの暴言を繰り返し行っていたことが判明している。
同じく有機水銀による住民被害を受けた新潟県では有機水銀病とも表記している。
1973年（昭和48年）3月、「熊本大学医学部10年後の水俣病研究班」が調査報告書を発表した（10年後の水俣病に関する疫学的、臨床医学的ならびに病理学的研究）。これは水俣病の公式確認から約10年を経過した地域住民の健康状態ならびに水銀汚染の状況などを調査したものであった。しかしこの調査研究において、比較・参照地区とされた有明海地区においても、水俣病と類似の症状を示す住民の存在が認められた。このことが、5月22日の『朝日新聞』により「有明海に第3水俣病」と報道されると､全国に水銀パニックが発生した。このとき有明海で確認された住民についてはその後、「水俣湾周辺でも漁をしていた」1名を除き、水俣病としては認定されなかった。このほか、河川の堆積物から多量の水銀が発見された新潟県関川水系でも、約10名の水俣病類似症状の発生が1973年に報告された（関川水俣病）が、1971年（昭和46年）の患者認定基準を適用した結果、否定された。関川水系の水銀は流域の工場に由来するものと、上流部にある黒姫山、妙高山、新潟焼山などの火山由来によるものとの双方が起源となっている。
さらに、山口県徳山市（現・周南市）も第三水俣病として問題になったことがあったが、徳山は無機水銀であり水俣病ではないとされた。無機水銀を含むヘドロは徳山港埋立地に今なお存在している。
水俣市内に多くの廃棄物が埋められていることは、水俣市市民部公害課発行『第4号公害調査報告書（昭和50年度〜昭和51年度前期）』に記されている。この報告書が発行された昭和52年3月は水俣病訴訟の時期であり、当時の浮池正基水俣市長「人間回復と環境復元対策を慎重に、かつ早期に実現し…」と巻頭に記している。
工場から排出される廃棄物を埋め立てた八幡プールの一部には、水俣クリーンセンターや水俣エコタウンが立地している。周辺の擁壁や石垣の隙間からは、カーバイド屑を含む高アルカリの地下水が湧き出ていることが現地で確認できる。